・「特定新規設立法人」とは？
基準期間のない法人の内、次の①及び②のいずれのうちにも該当する法人
①その基準期間のない事業年度の日において「特定要件」に該当すること
②新規設立法人が特定要件に該当する旨の判定の基礎となった「他の者」及びその「他の者と特殊の関係にある法人」のうちのいずれかの者の、その新規設立法人の新設開始日の属する事業年度の「基準期間の相当する期間」における課税売上高として、一定の方法により計算した金額が5億円を超えること

・特定要件に該当しているか？
「他の者」（この例の場合は甲）が、新規設立法人の50％超を有する場合に該当しますので、①の特定要件を満たしています。

A社の第1期
「設立の日2年前の前日～1年間に終了した事業年度がある時」
（4.3.7の2年前の前日の6日）～（3.3.5）…の間に終了した事業年度
2.3.6～3.3.5の間に終了したB社の事業年度（2年9月期）の課税売上高は438,987,000円→5億円以下
よって、②の要件を満たさない…免税

『「被支配特殊関係会社」とは、「他の者と生計を一にしない他の者の親族」の範囲について』 

2.疑問を抱かれるのは、第3項にある「ロからハまでに規定する他の法人が完全に支配している場合とは」のところかと思います。
令25の3において。「非支配特殊関係会社」を定義し、これを「特殊の関係にある法人」から除外していることです。
「非支配特殊関係会社」とは「他の者と生計を一にしない他の者の親族」という書き方が、「他の者+親族」なのか「他の者を含まない別生計の親族だけ」なのかで意味が違ってきます。
前者ですとB社は特殊関係者から除外され、完全支配とはなりません。
後者ですと、「別生計の親族だけで完全支配になる法人」というわけで、B社は除外されません。

4.この規定の趣旨を考えると、特殊関係法人は甲のグループに取り込むが、生計を別にする親族の完全支配にある法人まで取り込むことまではしなくてよいという判断ではないでしょうか。
また、質問のような事例を取り込むことにしないと、目的とする規制にはならないと思われます。